Huvudskillnaden mellan hnRNA och mRNA är att hnRNA är det obearbetade för tidiga mRNA-transkriptet som innehåller introner medan mRNA är det bearbetade RNA som inte innehåller introner.
Det finns olika typer av RNA, och hnRNA och mRNA är två typer av dem. Heterogent nukleärt RNA, även känt som pre-mRNA, är en typ av primärt transkript som produceras inuti kärnan. När pre-mRNA har gjorts bearbetas det posttranskriptionellt till funktionellt mRNA, vilket kan översättas till ett protein i cytoplasman. Därför syntetiseras hnRNA från en DNA-mall, och det är ett nybildat RNA före bearbetning. mRNA är RNA-sekvensen som bär den genetiska informationen för att producera ett protein. Det är en form av RNA efter bearbetning. Dessutom transporterar mRNA genetiska kodoner från DNA i kärnan till ribosomerna för proteinsyntesen.
