Huvudskillnaden mellan genokopi och fenokopi är att i genokopier visar fenotyper likhet och genotypen förändras, medan i fenokopi varierar fenotyper och genotypen förblir oförändrad.
Skillnaden mellan genokopi och fenokopi är involverad i att förklara de sällsynta förekomsterna av genetik. De två begreppen visar hur traditionell genetik eller mendelisk genetik kan variera baserat på undantagen i naturen. Genokopi avser fenomenet att ge en liknande fenotyp trots att man har en annan genotyp. Däremot hänvisar fenokopi till fenomenet att ha olika fenotyper trots att genotypen förblir oförändrad.