Huvudskillnaden mellan övergående och balanserad polymorfism baseras på hur allelerna beter sig. Övergående polymorfism är den progressiva ersättningen av en allel av en gen med en annan allel medan balanserad polymorfism är upprätthållandet av båda två olika alleler av en gen över tiden
Genetisk polymorfism är en eller två eller flera varianter av ett visst DNA. Övergående och balanserad polymorfism är två typer av polymorfism som uppstår på grund av två alternativa alleler av en gen. I övergående polymorfism, från de två alternerande allelerna i ett givet lokus, ersätts en allel successivt av en annan. I balanserad polymorfism är de två allelerna i jämvikt med varandra. Båda versionerna av genen bibehålls i populationen.