Huvudskillnaden mellan molekyl och atom är att molekylen är en kombination av två eller flera atomer via kemisk bindning medan atom är en enskild kemisk art som kan kombineras med varandra för att bilda molekyler och joner.
All materia i världen består av atomer och molekyler, därför kan vi betrakta dem som byggstenar för allt på denna planet, inklusive oss. I lekmanns ord kan vi säga att den mest grundläggande och även den minsta enheten av något kemiskt element är en atom. Ett kemiskt element är en art av atomer. Till exempel är den minsta syrgasenheten syreatomen; vi kan representera den med bokstaven O. Denna syreatom existerar dock inte oberoende, och det är bara när den kemiskt kombineras med en annan syreatom som den blir stabil. Det blir sedan en molekyl, och vi kan representera den med den kemiska formeln O 2.
