Huvudskillnaden mellan molekylär orbitalteori och hybridiseringsteori är att molekylär orbitalteori beskriver bildandet av bindnings- och anti-bindningsorbitaler, medan hybridiseringsteorin beskriver bildandet av hybridorbitaler.
Det finns olika teorier som utvecklats för att bestämma molekylernas elektroniska och orbitala strukturer. VSEPR-teori, Lewis-teori, valensbindningsteori, hybridiseringsteori och molekylär orbitalteori är sådana viktiga teorier. Den mest acceptabla teorin bland dem är molekylär orbitalteori.