Huvudskillnaden mellan maximal parsimonium och maximal sannolikhet beror på metoden som används för att utveckla fylogenetiskt träd. Maximal parsimonium fokuserar på att minimera de totala karaktärstillstånden under fylogenetisk trädkonstruktion medan maximal sannolikhet är en statistisk metod för att rita det fylogenetiska trädet beroende på sannolikheten mellan genetiska data.
Fylogeni är det nya tillvägagångssättet mot klassificering och nomenklatur för organismer. Fylogeni bygger på genetiska data och evolutionära förhållanden. De genetiska uppgifterna är ett resultat av DNA-sekvensering. I fylogeni sker klassificering av organismer baserat på den gemensamma förfadern. Maximal parsimens och maximal sannolikhet för fylogenetiskt förhållande ökar noggrannheten och tillförlitligheten hos ett fylogenetiskt träd.
