Huvudskillnaden mellan positiv och negativ jonisering i masspektrometri är att den positiva joniseringen bildar positivt laddade joner, medan den negativa joniseringen bildar negativt laddade joner.
Masspektrometri eller MS är en teknik inom analytisk kemi som mäter förhållandet mellan massa och laddning av joner. Slutresultatet av denna teknik kommer som ett masspektrum som visas som ett intensitetsdiagram. Vidare ritas denna plot som en funktion av förhållandet mellan massa och laddning. För masspektrometri är instrumentet vi använder en masspektrometer. När vi introducerar vårt prov i detta instrument genomgår provmolekyler jonisering. Här är det mycket viktigt att välja rätt joniseringsteknik eftersom det har stor inverkan på slutresultatet. Om vi använder en reagensgas, t.ex. ammoniak, kommer det att orsaka jonisering av provmolekyler att bilda antingen bara positiva joner eller bara negativa joner, beroende på instrumentets inställning.
