Nyckelskillnad - AFLP vs RFLP
DNA-studier har en enorm betydelse för att förstå och bestämma fylogenetiska förhållanden, diagnostisera genetiska sjukdomar och kartlägga organismernas genom. Flera tekniker associerade med DNA-analys används också för identifiering av en viss gen eller en DNA-sekvens i en pool av okänt DNA. De är kända som molekylära markörer. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) och Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) är två sådana molekylära markörer (metoder) utvecklade i molekylärbiologi för att detektera genetisk variation mellan organismer. Båda metoderna är lika viktiga och har fördelar och nackdelar. Huvudskillnaden mellan AFLP och RFLP är att AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av det digererade DNA medan RFLP inte involverar selektiv PCR-amplifiering av DNA-fragmenten.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckeldifferens
2. Vad är AFLP
3. Vad är RFLP
4. Jämförelse sida vid sida - AFLP vs RFLP
5. Sammanfattning
Vad är AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) är ett viktigt verktyg inom molekylärbiologi och används i stor utsträckning i genetisk variationanalys. AFLP är baserad på den specifika PCR-amplifieringen av fragmenterat genomiskt DNA och detektion av polymorfismen genom autoradiografier via gelelektrofores. AFLP bidrar i stor utsträckning till att identifiera genetiska skillnader i stammar eller närbesläktade arter av olika riken inklusive växter, djur, bakterier och svampar. AFLP kan utföras med små mängder okända DNA-prover. Det kräver inte tidigare sekvenskunskap och utformning av sonder.
Steg för AFLP
- Isolering av DNA
- Uppslutning av DNA med restriktionsendonukleaser
- Ligering av de begränsade DNA-fragmenten med adaptrar
- Selektiv amplifiering av fragmenten med specifika restriktionsställen
- Separation av PCR-produkterna genom gelelektrofores
- Visualisering av gelmatrisen med autoradiograf
AFLP är en mer känslig och reproducerbar metod som kan användas vid DNA-profilering av flera taxa inklusive svampar, bakterier, växter och djur utan förkunskap om DNA-sekvenser. Det hjälper till att identifiera små skillnader mellan individer i populationer på grund av dess mycket känsliga natur. AFLP är också viktigt vid genomkartläggning, kriminaltekniska studier, föräldratestning, genotypning etc.
Figur 01: AFLP
Vad är RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) är en teknik som används för att detektera de genetiska variationerna i homologa DNA-sekvenser. Det är den första metoden som utvecklats för DNA-profilering. Organismer har unika DNA-fingeravtryck eller DNA-profiler. RFLP fungerar som ett viktigt verktyg för att analysera variationen mellan DNA-profiler för intraspecifika eller närbesläktade organismer, eftersom homologa sekvenser har olika restriktionsställen (platser) som är unika för en viss organism. När homologt DNA smälts med specifika restriktionsendonukleaser, kommer det att resultera i olika DNA-profiler som är unika för varje individ. Därför,principen för denna metod är detektering av genetisk variation bland organismer genom att begränsa homologt DNA med specifika restriktionsenzymer och analys av fragmentlängden polymorfism via gelelektrofores och blotting. Blottingmönster är unika för varje organism och karaktäriserar de specifika genotyperna.
Steg för RFLP
- Isolering av tillräcklig mängd DNA från prover
- Fragmentering av DNA-proverna med specifika restriktionsendonukleaser i kort sekvens
- Separation av de resulterande fragmenten med olika längder genom agarosgelelektrofores.
- Överföring av gelprofilen till ett membran genom Southern blotting
- Hybridisering av membranet med märkta sonder och analys av fragmentlängden polymorfism i varje profil
RFLP är en mycket viktig teknik för att upptäcka sjukdomsarv och hitta risken för sjukdomens förekomst bland familjemedlemmar. RFLP används också ofta vid genomkartläggning, identifiering av brottslingar inom kriminalteknik, faderskapstest etc. RFLP har också flera begränsningar. RFLP kräver förkunskaper om sekvensdata för att designa sonder för hybridisering. Det kräver också isolering av tillräcklig mängd DNA från provet för att analysera, vilket är svårt i kriminaltekniska studier.
Figur 01: RRFLP-kartläggning
Vad är skillnaden mellan AFLP och RFLP?
Skilja artikeln mitt före bordet
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av det digererade DNA: t. | RFLP involverar inte PCR såvida det inte är PCR-RFLP. |
| Sekvenskunskap | |
| Tidigare sekvenskunskaper krävs inte. | Tidigare sekvenskunskaper krävs för utformade RFLP-sonder. |
| Pålitlighet | |
| Detta är mer pålitligt. | Detta är mindre tillförlitligt jämfört med AFLP. |
| Effektivitet vid upptäckt av polymorfism | |
| Detta har en högre effektivitet vid detektering av polymorfism än RFLP. | Detta är mindre effektivt jämfört med AFLP. |
| Kosta | |
| Detta är lite dyrt jämfört med RFLP. | Detta är billigare än AFLP. |
| Applikationer | |
| AFLP har tillämpats på genomkartläggning, DNA-fingeravtryck, studier av genetisk mångfald, faderskapstest och kriminalteknik | RFLP-analys är ett viktigt verktyg för genomkartläggning, lokalisering av gener för genetiska störningar, bestämning av risk för sjukdom och faderskapstest. |
Sammanfattning - AFLP vs RFLP
AFLP och RFLP är två tekniker som används som genetiska markörer för utvärdering av mångfald och bedömning av genetiska samband i molekylärbiologi. AFLP fungerar som en effektiv och känslig metod för detektion av genetisk polymorfism mellan organismer än RFLP. Men även om båda dessa metoder har olika effektivitet för att detektera genetiska variationer, används de fortfarande för DNA-fingeravtryck och sjukdomsdiagnos.
