Nyckelskillnad - RAPD vs RFLP
Genetiska markörer används i molekylärbiologi för att identifiera genetiska variationer mellan individer och arter. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) är två viktiga molekylära markörer som rutinmässigt används i laboratorier. RAPD utförs med korta och godtyckliga oligonukleotidprimrar, och den är baserad på den slumpmässiga förstärkningen av de flera platserna genom hela organismens mall-DNA. RFLP utförs med ett specifikt restriktionsendonukleas, och det är baserat på polymorfismen av resulterade restriktionsfragment och hybridisering. Huvudskillnaden mellan RAPL och RFLP är att RAPD är en typ av PCR-teknik som utförs utan tidigare sekvenskunskap medan RFLP inte är inblandad i PCR och kräver tidigare sekvenskunskap för att utföra tekniken.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är RAPD
3. Vad är RFLP
4. Jämförelse sida vid sida - RAPD vs RFLP
5. Sammanfattning
Vad är RAPD?
RAPD är en användbar molekylär markör inom molekylärbiologi. Det är en snabb och enkel teknik. RAPD kan definieras som en metod som resulterar i polymorfa DNA-sekvenser som ett resultat av slumpmässig amplifiering av flera platser i mål-DNA-mallen. RAPD använder korta oligonukleotidprimrar med godtyckliga sekvenser för PCR-amplifiering. Primers syntetiseras artificiellt utan tidigare sekvenskunskap. Därför anses det vara en enkel och användbar teknik.
Följande viktiga steg är inblandade i RAPD.
- Extraktion av mål-DNA
- Amplifiering av mångfalden av mål-DNA med användning av slumpmässigt valda primers
- Gelelektrofores av de amplifierade PCR-produkterna
- Färgning med etidiumbromid och identifiering av polymorfismen
Som ett resultat av variationen i grundglödgningen genereras olika fragment med olika längder under amplifieringen. Följaktligen är bandmönster på gelerna olika mellan individer och arter. Således möjliggör RAPD detektion av genetisk variation mellan organismer vid identifiering och differentiering.
RAPD används i olika studier av molekylärbiologi, såsom identifiering av den genetiska skillnaden mellan närbesläktade arter, genmappning, DNA-fingeravtryck, identifiering av ärftliga sjukdomar etc.
Figur 01: RAPD
Vad är RFLP?
Restriktionsfragmentlängd Polymorfismer (RFLP) är en molekylär markör som används i molekylärbiologi för identifiering av genetisk variation i homologa DNA-sekvenser. Det är den första genetiska markören som utvecklats för DNA-fingeravtryck. Alla organismer producerar unika DNA-profiler när de begränsas med specifika restriktionsenzymer. RFLP fungerar som ett viktigt verktyg för att producera unika DNA-profiler för individer och upptäcka genetisk variation bland dem. När DNA-prover digereras med specifika restriktionsendonukleaser ger det olika DNA-profiler som är unika för varje individ. Därför är principen för denna metod detektering av genetisk variation bland organismer genom att begränsa homologt DNA med specifika restriktionsenzymer och analys av fragmentlängden polymorfism via gelelektrofores och blotting. Blottingmönster är unika för varje organism och karaktäriserar de specifika genotyperna.
Följande steg är inblandade i RFLP.
- Isolering av tillräcklig mängd DNA från prover
- Fragmentering av DNA-proverna med specifika restriktionsendonukleaser i kort sekvens
- Separation av de resulterande fragmenten med olika längder genom agarosgelelektrofores.
- Överföring av gelprofilen till ett membran genom Southern blotting
- Hybridisering av membranet med märkta sonder och analys av fragmentlängden polymorfism i varje profil
RFLP har olika tillämpningar såsom diagnos av arvssjukdomar, genomkartläggning, kriminell identifiering i kriminaltekniska studier, faderskapstest etc.
Figur 02: RFLP-genotypning
Vad är skillnaden mellan RAPD och RFLP?
Skilja artikeln mitt före bordet
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD är en molekylär markör baserad på slumpmässiga primers och PCR. | RFLP är en molekylär markör baserad på produktion av restriktionsfragment med olika längd. |
| Nödvändigt prov | |
| Små DNA-prover räcker för RAPD-analysen. | En stor mängd extraherat DNA-prov krävs för RFLP-analys. |
| Tid | |
| RAPD är en snabb process. | RFLP är en tidskrävande process. |
| Primer Användning | |
| Slumpmässiga primers används och samma primers kan användas för olika arter. | Artspecifika sonder används i RFLP för hybridisering. |
| Pålitlighet | |
| Tillförlitligheten hos tekniken är mindre jämfört med RFLP. | RFLP är en pålitlig teknik. |
| Blotting | |
| RAPD innebär södra blotting. | Southern blotting är ett steg i RFLP. |
| Detektion av allelvariation | |
| Alleliska variationer kan inte detekteras av RAPD. | Alleliska variationer kan detekteras med RFLP. |
| Behov av sekvenskunskap | |
| RAPD kräver ingen tidigare sekvenskunskap. | Tidigare sekvenskunskaper krävs för sonddesign. |
| PCR | |
| PCR är involverat i RAPD | PCR är inte inblandat i RFLP. |
| Reproducerbarhet | |
| RAPD har låg reproducerbarhet | RFLP har en hög reproducerbarhet jämfört med RAPD. |
Sammanfattning - RAPD vs RFLP
RAPD och RFLP är viktiga markörer som används i molekylärbiologi. Båda metoderna kan upptäcka genetisk variation mellan organismer. RAPD utförs med slumpmässiga primers. RFLP utförs med specifika restriktionsenzymer. Båda metoderna ger DNA-profiler som är unika för enskilda organismer. RAPD är involverat jämförelsevis få steg än RFLP. Men det ger mindre tillförlitliga och reproducerbara resultat än RFLP. Detta är den största skillnaden mellan RAPD och RFLP.
