Huvudskillnaden mellan chaperoner och chaperoniner är att chaperonerna utför ett brett spektrum av funktioner inklusive vikning och nedbrytning av proteinet, medverkan vid sammansättning av proteiner etc., medan nyckelfunktionen hos chaperoniner är att hjälpa till med vikningen av stora proteinmolekyler.
Molekylära chaperoner eller chaperoner är proteinmolekyler som hjälper till att fälla proteiner till komplexa strukturer. Därför är chaperoniner en typ av chaperon, som inkluderar värmechockproteiner. Av alla typer av chaperoner är chaperoniner de mest studerade proteinerna på grund av den viktiga roll det spelar under korrekt proteinvikning. Därför förhindrar verkan av chaperoner och chaperoniner den irreversibla aggregeringen av proteiner och därigenom möjliggör deras funktionalitet. Chaperoner och chaperoniner skiljer sig mycket åt baserat på funktionaliteten hos de två molekylerna.
