Huvudskillnaden mellan aeroba och anaeroba muskler är att de aeroba musklerna kräver syre för sina funktioner, medan de anaeroba musklerna inte behöver syre för att fungera.
Muskler är de viktigaste komponenterna som ingår i våra rörelser. Dessutom hjälper de till att bibehålla kroppsformen. Muskler kan andas både aerobt och anaerobt. Därför genomgår muskler funktioner i närvaro och frånvaro av syre. Baserat på det finns det två muskler, nämligen aeroba och anaeroba muskler. Aeroba muskler kräver syre för sin cellulära andning. Med andra ord är dessa muskler beroende av syre för energiproduktion. Därför finns mitokondrier i stort antal. Å andra sidan behöver anaeroba muskler inte syre för att generera energi. De har mitokondriella fragment eller de enzymer som krävs för anaerob andning. Därför är de inte beroende av syre. Således är den största skillnaden mellan aeroba och anaeroba muskler syrebehovet.