Den viktigaste skillnaden mellan aeroba och anaeroba mikroorganismer är syrebehovet för de aeroba överlevnadsorganismerna medan det inte är för de anaeroba mikroorganismerna. Det vill säga de aeroba mikroorganismerna kräver syre som sin slutliga elektronacceptor under den aeroba andningen medan anaeroba mikroorganismer inte behöver syre för sin cellulära andning.
Svaret på syre är grunden för klassificering av mikroorganismerna som aeroba och anaeroba. På grund av detta har dessa mikroorganismer olika egenskaper för att utföra sina funktioner under cellulär andning. Därför genomgår aeroba mikrober aerob andning, medan anaeroba mikrober genomgår anaerob andning.
