Huvudskillnaden mellan biotransformation och metabolism är att biotransformation är en del av metabolismen där den biokemiska omvandlingen sker i ett visst läkemedel eller förening medan metabolism hänvisar till alla biokemiska reaktioner som äger rum i en levande organism.
Metabolism är en bred term som inte inkluderar alla biokemiska reaktioner som äger rum i en levande organism utan även läkemedelsmetabolism. Följaktligen är ämnesomsättningen aktiv från inträdet av en viss förening till uttömningen av den föreningen i den levande organismen. Dessutom är ämnesomsättningen av droger eller främlingsfientligt läkemedel ett viktigt område inom biokemi som studeras mycket över hela världen. Xenobiotisk metabolism innehåller många procedurer. Det primära målet för xenobiotisk metabolism eller läkemedelsmetabolism innefattar alla de biokemiska modifieringar som sker i ett läkemedel. Biotransformation är också en del av xenobiotisk metabolism. Följaktligen är biotransformation från en förening till en annan förening viktig för att lägga till egenskaper såsom löslighet till föreningar etc.
