Huvudskillnaden mellan flagella och cilia är att flagellen är lång och finns i en till åtta per cell medan cilia är kort och finns i hundratals per cell.
Cilia och Flagella är små strukturer fästa vid eukaryota och prokaryota celler. De skjuter ut från cellernas yta. Dessa strukturer hjälper till att förflytta unicellulära organismer. Följaktligen innehåller de huvudsakligen proteiner som kallas mikrotubuli eller basala kroppar. När det gäller encelliga eukaryota organismer är både cilia och flagella avgörande för rörelsen. Å andra sidan, i flercelliga organismer, hjälper cilier och flageller i rörelsen av vätskor och andra material längs kroppsrören medan de utför funktionen att flytta en cell eller en grupp celler. Det finns dock en viss skillnad mellan flagella och cilia; särskilt skiljer de sig från varandra genom längd, storlek, utseende och typ av celler som de är fästa på.
