Huvudskillnaden mellan cilia stereocilia och microvilli är att cilia är små hårliknande strukturer som består av mikrotubuli medan stereocilia är buntar av hårliknande utsprång som består av aktinfilament och microvilli är veck av cellmembran som består av aktinfilament.
Cilia, stereocilia och microvilli kan förekomma som liknande strukturer när de observeras utifrån. Men de skiljer sig strukturellt och funktionellt från varandra. De är hårliknande strukturer som är mikroskopiska. Dessutom är de proteinfibrer som sträcker sig utåt från cellerna.
