Huvudskillnaden mellan parasitrötter och mycorrhizae är att parasitrötter är rötterna till icke-fotosyntetiska parasitväxter medan mycorrhizae är en typ av mutualistisk förening som finns mellan rötterna till fotosyntetiska högre växter och en svamp.
Parasitism och mutualism är två symbiotiska föreningar som existerar mellan två olika arter som lever tillsammans. Parasitism är endast fördelaktigt för parasit eftersom parasiten får mat och andra krav från värden medan den skadar den. Å andra sidan gynnar ömsesidighet båda partnerna i föreningen. Mycorrhizae är en typ av mutualistisk förening som förekommer mellan en högre växt och en svamp. Svampen lever i rötterna till högre växter. Högre växter ger svampen mat medan svampen absorberar vatten och näringsämnen från jorden till växten.