Huvudskillnaden mellan komplementering och rekombination är att komplementering är förmågan hos två mutanter i kombination att återställa en normal fenotyp medan rekombination är utbytet av genetiskt material mellan kromosomer, vilket resulterar i fysiska förändringar i kromosomer.
Komplettering och rekombination är två begrepp som producerar genetiskt olika organismer. Komplementering återställer den normala fenotypen när två mutanter kombineras medan rekombination ger upphov till en organism med förändrad genetisk sammansättning på grund av utbytet av genetiskt material mellan organismer.