Huvudskillnaden mellan molekylär orbital och atomorbital är att atomorbitaler beskriver de platser där sannolikheten för att hitta elektronerna är hög i en atom medan molekylära orbitaler beskriver de troliga platserna för elektroner i en molekyl.
Bindningen i molekyler förstås på ett nytt sätt med de nya teorier som presenteras av Schrodinger, Heisenberg och Paul Dirac. När kvantmekanik kom in i bilden med sina upptäckter upptäcktes att en elektron har både partikel- och vågegenskaper. Med detta utvecklade Schrodinger ekvationer för att hitta vågens natur hos en elektron och kom med vågekvationen och vågfunktionen. Wave-funktionen (Ψ) motsvarar olika tillstånd för elektronen.
