Huvudskillnaden mellan auxotrofer och prototrofer är att auxotrofer är mutanta mikroorganismer som har tappat förmågan att producera en viss organisk förening som krävs för deras tillväxt medan prototrofer är mikroorganismer av vild typ som kan producera alla nödvändiga organiska föreningar.
Mikroorganismer visar olika näringssätt. Särskilt har bakterier olika förmågor. Vissa bakterier kan fotosyntetisera och producera sin egen mat medan vissa bakterier lever i symbiotiska förhållanden med sin värdorganism och får näringsämnen. Dessutom bryter vissa bakterier ned organiskt material och får näringsämnen. Auxotrofer och prototrofer är två grupper av mikroorganismer som skiljer sig beroende på deras förmåga att producera organiska föreningar för deras tillväxt. Prototrofer kan syntetisera alla organiska föreningar som krävs för deras tillväxt medan autotrofer inte kan producera en viss organisk förening som är nödvändig för dess tillväxt på grund av en mutation.
