Nyckelskillnaden mellan funktionell grupp och substituent är att den funktionella gruppen är en aktiv del av en molekyl medan substituenten är en kemisk art som kan ersätta en atom eller en grupp atomer i en molekyl.
Termerna funktionell grupp och substituent finns ofta i organisk kemi. En funktionell grupp är en specifik typ av substituent som orsakar aktiviteten hos en molekyl. Detta betyder att reaktionerna som en viss molekyl genomgår bestäms av den funktionella gruppen. En substituent kan emellertid vara antingen en aktiv kemisk art eller en inaktiv kemisk art.