Huvudskillnaden mellan strukturell och funktionell genomik är att strukturgenomik är studiet av genomers fysiska natur, inklusive sekvensering och kartläggning av genom medan funktionell genomik är studien av genomets uttryck och funktion.
Genomik är ett fält av biologi som berör struktur, organisation, funktion, utveckling och kartläggning av genom hos levande organismer. Det inkluderar också sekvensering av genom, bestämning av den kompletta uppsättningen proteiner som kodas av en organism och funktionen av gener och metaboliska vägar i en organism. Med enkla ord är genomik den storskaliga studien av en grupp av gener. Därför genomförs studierna på genomets nivå. Strukturell genomik och funktionell genomik är de två huvudgrenarna för genomik. Strukturell genomik fokuserar på karakteriseringen och ger en plats för hela uppsättningen gener i ett genom. Däremot fokuserar funktionell genomik på funktionen och egenskapen.
