Huvudskillnaden mellan synthon och syntetisk ekvivalent är att synthon är en del av en kemisk förening som kan bildas genom en känd syntetisk process, medan syntetisk ekvivalent är ett reagens som utför en syntons funktion.
Termerna synthon och syntetisk ekvivalent kommer under grenen av retrosyntetisk analys. Det är en teknik som är användbar för att lösa de problem som uppstår under planeringen av en organisk syntesprocess. I denna analysteknik behöver vi omvandla en målmolekyl till en enkel struktur utan effekten av reagensens interaktion. Ibland använder vi termerna synthon och syntetisk ekvivalent omväxlande, men de är två olika komponenter.
