Huvudskillnaden mellan kodominans och multipla alleler är att kodominans uttrycker effekterna av båda allelerna oberoende, utan att blanda i det heterozygota tillståndet, medan multipla alleler hänvisar till tillståndet hos ett drag som har mer än två olika alleler.
Generellt kommer varje gen med två olika alleler. En är en dominerande allel medan den andra är en recessiv allel. Enligt mendelsk arv uttrycker dominerande allel sin fenotyp medan den undertrycker den recessiva allelen i heterozygot tillstånd. Vissa gener har dock tre eller flera olika alleler för en egenskap. De kallas flera alleler. Dessutom är codominance ett icke-mendeliskt arv. I detta fenomen får avkomma båda föräldragenerna som en kombination av båda generna. Därför uttrycks båda generna lika i avkomman.
