Huvudskillnaden mellan antigen och fasvariation är att antigen variation är den mekanism som hänvisar till uttrycket av antigeniskt distinkta proteiner, kolhydrater eller lipider på deras ytor medan fasvariation är den högfrekventa reversibla på och av-omkopplingen av fenotyputtryck.
Antigenisk och fasvariation är två typer av molekylära mekanismer som används av patogener för att undvika värdens immunsvar. De är släkt med varandra. Dessa mekanismer gör det möjligt för mikrober, särskilt bakterier, att anpassa sig till mer än en miljö. Som ett resultat av fas och antigen variation bildas en heterogen fenotyp av en klonal bakteriepopulation. I denna population uttrycker enskilda celler fasvariabla proteiner eller en av de flera antigena formerna av proteinet. Dessa variationer är främst virulensstrategier som utförs av patogener.
