Huvudskillnaden mellan O- och H-antigen är att O-antigen är den yttersta delen av bakteriens ytbeläggning medan H-antigen är den smala trådliknande strukturen som är en del av flagellen.
Antigener är molekylära igenkänningsställen som finns i många bakterier, svampar, virus, dammpartiklar och andra cellulära och icke-cellulära partiklar som kan kännas igen av värdimmunsystemet. Generellt är de flesta antigener närvarande på cellytan. Strukturellt kan antigener vara proteiner, aminosyror, lipider, glykolipider eller glykoproteiner eller nukleinsyramarkörer. Dessa molekyler har en specifik förmåga att åstadkomma ett immunsvar i värden. Detta immunsvar åstadkommes genom att utlösa produktionen av antikroppar som motsvarande resultat.
Antigener används vanligtvis i serotypidentifieringssystem för bakterierna. Salmonella är ett bakteriesläkt som har många serotyper. Serotyper är grupper av mikroorganismer inom samma art. Dessa serotyper kan urskiljas med användning av kombinationen av O-antigen och H-antigen. O-antigen är en LPS-sidokedja medan H-antigen är en del av flagellen.
