Huvudskillnaden mellan antigen och antikropp är att antigen är vilken substans som helst som inducerar immunsystemet att producera antikroppar mot det medan antikroppen är ett Y-format immunglobulinskyddande protein som kan binda med antigener för att neutralisera dem.
Kärnförståelsen för immunologi, liksom vissa aspekter av mikrobiologi, patologi och dermatologi, bygger på förståelsen av de grundläggande begreppen antigen-antikroppsreaktioner. Detta är byggstenarna i stora baser för kunskap och nyutvecklad teknik för att bekämpa olika mängder sjukdomar.