Huvudskillnaden mellan mutagen och teratogen är att mutagen är ett ämne eller ett medel som orsakar en förändring i DNA-sekvensen hos en individ medan en teratogen är ett medel som orsakar skada på fostret eller det utvecklande embryot under graviditeten.
Mutagener och teratogener är vanligtvis kemiska medel. Emellertid kan fysiska och biologiska medel också verka som mutagen eller teratogen. Båda dessa kan leda till mycket skadliga eller dödliga effekter hos individer. Förbättringen av biotekniken har emellertid gett ny insikt i både begreppen mutagener och teratogener.