Huvudskillnaden mellan CRISPR och CRISPR Cas9 är att CRISPR (grupperat regelbundet mellanrum kort palindromisk upprepning) är en naturligt förekommande prokaryot immunförsvarsmekanism medan CRISPR cas9 är en RNA-styrd Cas9-nukleas som är en del av det CRISPR-adaptiva immunsystemet.
CRISPR är ett antiviralt immunförsvar som finns i bakterier och arkeaer. Det är en familj av DNA-sekvenser som finns i det bakteriella genomet. Den består av distanssekvenser som härrör från DNA-fragment av bakteriofager som tidigare hade infekterat dem. I efterföljande virusinfektioner använder bakterier dessa sekvenser för att förstöra viralt DNA. CRISPR-sekvenser har korta palindromiska upprepningar och distanssekvenser. Dessutom har CRISPR upprepade spacersekvenser ofta associerade gener som kodar för Cas-proteiner. Cas9 är ett RNA-styrt endonukleas. Tillsammans med CRISPR-sekvenser fungerar Cas9-protein som ett adaptivt immunsystem hos bakterier mot bakteriofager.
