Huvudskillnaden mellan polysackarid- och konjugatvacciner är att polysackaridvacciner endast innehåller fria polysackarider som antigener medan konjugerade vacciner innehåller polysackarider i kombination med en proteinmolekyl.
Polysackarid- och konjugatvacciner är två typer av vacciner. Polysackaridvacciner innehåller endast polysackaridkapseln som antigen för att stimulera ett immunsvar. Därför orsakar de ett försumbart immunsvar jämfört med konjugerade vacciner. Konjugatvacciner innehåller polysackarider konjugerade till ett immunogent protein. Därför framkallar de ett starkare immunsvar. Dessutom etablerar konjugerade vacciner B-cellminne och långvarig immunisering. För närvarande har konjugerade vacciner kraftigt ersatt polysackaridvaccinerna.