Nyckelskillnaden mellan R- och S-konfiguration är att R-konfigurationen är det rumsliga arrangemanget av R-isomeren, som har sin relativa riktning av prioritetsordning i medurs riktning medan S-konfigurationen är det rumsliga arrangemanget av S-isomer som har sin relativa prioritetsriktning beställa moturs. Här är den relativa riktningen för prioritetsordningen den fallande prioritetsordningen för substituenter.
R- och S-isomererna är organiska molekyler med ett kiralt centrum, vilket är en kolatom som har fyra olika substituenter fästa vid den. Dessa substituenter listas efter deras prioritet (prioriteten bestäms med CIP-regler som beskrivs nedan).