Huvudskillnaden mellan Golgi Bodies och Mitochondria är på funktionen de utför. Huvudfunktionen hos Golgi-kroppar (eller Golgi-apparater) är modifiering, sortering och förpackning av proteiner för utsöndring medan mitokondriernas huvudfunktion är produktionen av cellens energivaluta (ATP) genom andning.
Eukaryota celler innehåller cellulära organeller såsom Golgi-kroppar, mitokondrier, lysosomer, ribosomer, kärna etc. Dessa är vitala organeller som är nödvändiga för cellulära funktioner. Golgi-kroppar är en del av endomembransystemet som består av vesiklar och vikta membran medan mitokondrier är dubbla membranbundna bönformade organeller som finns i eukaryota celler.