Huvudskillnaden mellan fluorvätesyra och klorvätesyra är att fluorvätesyran är en svag syra medan saltsyran är en stark syra. Fluorsyran kan också bilda vätebindningar medan saltsyran inte kan bilda vätebindningar.
Dessutom är en annan viktig skillnad mellan fluorvätesyra och saltsyra i deras molekylära struktur. Fluorvätesyramolekylen har en fluoridjon medan saltsyramolekylen har en kloridjon. Vidare är både fluorvätesyra och klorvätesyra protongivare. Därför kan dessa syramolekyler jonisera i vattenhaltiga medier som frigör protoner (H +). Dessa protoner orsakar surheten i det vattenhaltiga mediet.
