Huvudskillnaden mellan polyatomiska joner och föreningar är att de polyatomiska jonerna har antingen en positiv eller negativ elektrisk laddning medan föreningarna inte har någon elektrisk nettoladdning.
En polyatomisk jon är en term som vi använder för att namnge kemiska arter som innehåller två eller flera atomer som har en netto negativ eller positiv elektrisk laddning. Den elektriska laddningen för denna jon är ett resultat av antalet elektroner som finns i varje atom; om det finns fler elektroner än det totala antalet protoner i atomer, får det en nettoladdning och vice versa. Föreningar är å andra sidan kemiska arter utan elektrisk laddning. De har lika många elektroner och protoner.