Huvudskillnaden mellan resonans och mesomer effekt är att resonansen är ett resultat av interaktion mellan ensamma elektronpar och bindningselektronpar medan den mesomera effekten blir på grund av närvaron av substituentgrupper eller funktionella grupper.
De två kemiska begreppen resonans och mesomer effekt bestämmer den exakta kemiska strukturen för en organisk molekyl. Resonansen uppstår i molekyler som har ensamma elektronpar på någon av atomerna i molekylen. Den mesomera effekten uppstår om en molekyl har substituenter eller funktionella grupper. Båda dessa fenomen är vanliga i organiska molekyler.
