Huvudskillnaden mellan direkt och indirekt immunfluorescens är att direkt immunfluorescens använder en enda antikropp som fungerar mot målet av intresse medan den indirekta immunfluorescensen använder två antikroppar för att märka målet av intresse.
Immunofluorescens eller cellavbildning är en teknik som används för att märka ett specifikt målantigen med en fluorofor. Här är fluoroforen en fluorescerande kemisk förening som kan återutsända ljus vid ljus excitation. När en fluorofor binder till målantigenet möjliggör det detektion av målmolekylen i provet. För att beskriva det vidare, när ett antigen binder till en specifik antikropp, kan det konjugeras med fluoroforer. Därför är det lätt att detektera närvaron av målantigenet i provet när man observerar under fluorescensmikroskopet.
Dessutom finns det två typer av immunfluorescens; direkt och indirekt immunfluorescens. Skillnaden mellan direkt och indirekt immunfluorescens ligger främst i antalet antikroppar som används och fluoroforkonjugationen. Det vill säga i direkt immunfluorescens konjugerar fluoroforen direkt till den primära antikroppen medan i indirekt immunfluorescens fluoroforen konjugerar med den sekundära antikroppen.
