Huvudskillnaden mellan kimlinjemutation och somatisk mutation är att kimlinjemutationen ärver till avkomman medan somatisk mutation inte är inneboende i avkomman.
DNA är arvsmaterialet för de flesta levande organismer. Mutation är en permanent förändring av nukleotidsekvensen för ett DNA-fragment eller en gen. Olika typer av mutationer förekommer i levande organismer. Bland dem är somatiska mutationer och könslinjemutationer två huvudtyper. Somatiska mutationer förekommer i enstaka kroppsceller medan könslinjemutationer förekommer i könsceller. När somatisk mutation sker i en enda kroppscell påverkar den endast vävnaden som härrör från den muterade cellen. I motsats till detta påverkar alla kroppsceller när kimlinjemutationen äger rum. Den största skillnaden mellan kimlinjemutation och somatisk mutation är möjligheten att dessa mutationer passerar in i avkomman eller inte.