Nyckelskillnaden mellan gelfiltrering och gelpermeationskromatografi är att den mobila fasen för gelfiltreringskromatografi är en vattenlösning medan den mobila fasen av gelpermeationskromatografi är ett organiskt lösningsmedel.
Både gelfiltrering och gelgenomträngningskromatografi faller under kategorin för storleksexklusionskromatografi där vi kan separera molekylerna i en lösning beroende på deras storlek. Ibland kan vi separera molekylerna enligt deras molekylvikter. Vanligtvis använder vi dessa tekniker för att separera komplexa molekyler som proteiner och i industriell skala för att separera polymermaterial. Huvudskillnaden mellan gelfiltrering och gelgenomträngningskromatografi är i den mobila fasen vi använder i varje teknik.
