Huvudskillnaden mellan fotosystem 1 och fotosystem 2 är att fotosystemet 1 har ett reaktionscenter som består av klorofyll en molekyl av P700 som absorberar ljus vid en våglängd på 700 nm. Å andra sidan har fotosystemet II ett reaktionscenter som innefattar klorofyll en molekyl av P680 som absorberar ljus vid en våglängd på 680 nm.
Fotosystem är en samling klorofyllmolekyler, tillbehörspigmentmolekyler, proteiner och små organiska föreningar. Det finns två huvudsakliga fotosystem; fotosystem I (PS I) och fotosystem II (PS II), närvarande i kloroplasternas tylakoidmembran i växter. Båda utför fotosyntesens lätta reaktion. Följaktligen behöver växter i huvudsak båda dessa fotosystem. Det beror på att strippningselektronerna från vatten kräver mer energi än det ljusaktiverade fotosystem jag kan leverera. Följaktligen kan fotosystem II absorbera kortare våglängd (högre energi) och kopplas ihop med PS I, vilket möjliggör icke-cykliskt elektronflöde.
