Huvudskillnaden mellan mesenkymala och hematopoietiska stamceller är att mesenkymala stamceller kan differentieras till nervceller, ben-, brosk-, muskel- och fettvävnadsceller medan hematopoietiska stamceller kan skilja sig till alla typer av blodkroppar i vår kropp.
Stamceller är odifferentierade eller ospecialiserade celler som finns i vår kropp. De kan dela och ge samma typ av stamceller eller differentiera till specialceller i vävnader som har specificerade funktioner. På grund av dessa anmärkningsvärda förmågor hos stamceller används de för att reparera och regenerera skadade vävnader. Mesenkymala stamceller och hematopoetiska stamceller är två typer av stamceller som är extremt viktiga. Mesenkymala stamceller (icke-hematopoetiska stamceller) är multipotenta stamceller som kan generera ben-, brosk- och fettceller. Å andra sidan kan hematopoietiska stamceller bilda alla typer av blodkroppar i kroppen. Dessutom finns båda dessa stamcellstyper närvarande i benmärgen.