Huvudskillnaden mellan ectomycorrhizae och endomycorrhizae är att svamphyferna inte tränger in i kortikala celler i växtrötterna i ectomycorrhizae medan svamphyferna tränger in i kortikala celler i växtrötterna i endomycorrhizae.
Mycorrhizae är ett viktigt symbiotiskt förhållande som uppstår mellan svampar och rötter från högre växter. Både svampar och växter får fördelar från denna förening. Svamphyfer tränger in i jorden och ger näringsämnen till växterna medan växter också ger fördelar för svamparna. Därför är det ett ekologiskt viktigt förhållande. Det viktigaste är att svamphyfer kan växa flera meter och transportera vatten och näringsämnen, särskilt kväve, fosfor, kalium till rötterna. Dessutom skyddar mycorrhizal-föreningen växten från rotpatogener. Följaktligen är det mindre troligt att symtom på näringsbrist uppträder i växter som är i dessa symbiotiska föreningar. Det finns två typer av mycorrhizae som ectomycorrhizae och endomycorrhizae.
