Huvudskillnaden mellan proton och elektron är att proton är en subatomär partikel som finns i en atomkärna, medan elektroner är partiklar som kretsar kring kärnan.
Atomer är byggstenarna för alla befintliga ämnen. En atom innehåller en kärna som har protoner och neutroner. Elektroner cirklar runt kärnan i orbitaler. Dessutom finns det andra små subatomära partiklar i kärnan. Det mesta av utrymmet i en atom är tomt. Attraktionskrafterna mellan den positivt laddade kärnan (positiv laddning på grund av protoner) och de negativt laddade elektronerna bibehåller atomens form.