Huvudskillnaden mellan fenetik och kladistik är metoden som används vid klassificering av organismer. Fenetik klassificerar organismer baserat på morfologiska och strukturella egenskaper medan kladistik klassificerar organismer baserat på deras anor och evolutionära förhållanden.
Klassificering av organismer är en viktig process i biologisk mångfald och biologiska studier. Taxonomi underlättar klassificeringen av olika system samtidigt som det hjälper till med gruppering och gruppering av organismer. I detta avseende spelar fenetik och kladistik en viktig roll för att bygga relationer mellan organismer.