Huvudskillnaden mellan muoner och mesoner är att muoner är en typ av elementära partiklar som inte har någon underkonstruktion medan mesoner är en typ av hadroniska subatomära partiklar som har ett par kvark- och anti-kvarkpartiklar.
Muoner och mesoner är två typer av partiklar i materia. Muoner är en typ av elementära partiklar som elektroner, och vi kan inte dela dem vidare i mindre strukturer (som kvarker). Men mesoner är något större än muoner och innehåller kvark- och antikvarkpartiklar; således faller de under en annan kategori som kallas hadroniska subatomära partiklar. Uttrycket hadroniska medel indikerar att det innehåller två eller flera kvarkpartiklar, och subatomära partiklar är mindre strukturer än toms, som bygger upp en atoms struktur.
