Huvudskillnaden mellan cytokrom och fytokrom är att cytokrom är ett elektronöverföringshemprotein som är involverat i aerob andning. Under tiden är fytokrom ett fotoreceptorprotein som är känsligt för rött och långrött ljus i det synliga spektrumet.
Levande organismer har olika typer av pigment. Vissa är ljusabsorberande pigment medan andra är andningspigment. Cytokrom är ett metalloprotein som fungerar som en elektronbärare i aerob andning. Under tiden är fytokrom en fotoreceptor som absorberar rött och långrött ljus från det synliga spektrumet. Jämfört med cytokrom är fytokromer viktiga i många aspekter av växtutveckling.