Huvudskillnaden mellan Apicomplexia och Ciliophora är att Apicomplexia är en subphylum av protozoer och inkluderar organismer med ett apikalt komplex, medan Ciliophora är en annan subphylum av protozoa som inkluderar organismer med cilia.
Protozoer är en av de två stora grupperna som tillhör kungariket Protista. Den andra gruppen är alger. Protozoer är encelliga djur som eukaryota organismer. De tillhör fyra klasser: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates) och Apicomplexa. Apicomplexia har en struktur som kallas apical complex, medan Ciliophora-medlemmar har tusentals cilia på organismens yta.
