Huvudskillnaden mellan allozymer och isozymer är att allozymer kodas av olika alleler på samma plats. Men däremot kodas isozymer av gener på olika platser.
Enzymer är biokatalysatorer som påskyndar biokemiska reaktioner. I själva verket är de proteinmolekyler kodade av gener. Det finns olika typer av enzymer. Vissa enzymer kodas av olika alleler av samma gen närvarande på samma plats. De är kända som allozymer. Däremot kodas vissa enzymer av olika gener som ligger på olika platser. Dessa enzymer är kända som isozymer. Isozymer och allozymer kan användas för att bestämma förhållandet mellan två organismer.