Huvudskillnaden mellan tiocyanat och isotiocyanat är att tiocyanat är en funktionell grupp i vilken alkyl- eller arylgruppen är bunden genom svavelatomen medan isotiocyanat är bindningsisomeren av tiocyanat i vilken alkyl- eller arylgruppen är bunden genom kväveatomen.
Tiocyanat och isotiocyanat är funktionella grupper som innehåller kol-, kväve- och svavelatomer. Dessa funktionella grupper har samma anslutning av atomer. Det vill säga kolatomen är i mitten, medan kväve- och svavelatomer är fästa vid dess sidor. Emellertid skiljer sig den kemiska bindningen mellan dessa atomer från varandra.
