Huvudskillnaden mellan bakterioklorofyll och klorofyll är att de anoxygena fototroferna, såsom purpurfärgade bakterier, heliobakterier och gröna svavelbakterier, etc. har bakterioklorofyller, medan syrgasfototrofer som gröna växter, alger och cyanobakterier har klorofyller.
Det finns två typer av fotosyntes; syresens fotosyntes och anoxygen fotosyntes. Det finns också två typer av fotosyntetiska pigment som klorofyll och bakterioklorofyll. Syrliga fototrofer har klorofyll medan anoxigena fototrofer har bakterioklorofyll. Bakterioklorofyll och klorofyll liknar den övergripande strukturen. Men de skiljer sig åt i byten runt ringen och i längden och byten på fytolsvansen. Det finns fyra typer av klorofyller medan det finns sju typer av bakterioklorofyller.
