Huvudskillnaden mellan V-typ och F-typ ATPase är att V-typ ATPase fungerar som en ATP-driven jonpump medan F-typ ATPase fungerar som ATP-syntas i celler.
ATPase är en term som refererar till enzymer som kan hydrolysera ATP. Generellt sönderdelas ATPaser ATP och den energi som frigörs under reaktionen utnyttjas för att utföra arbete eftersom ATP är den energivaluta som ger energi för de flesta cellulära processer. ATP-uppdelning behöver ATPases. Därför sänker ATPases aktiveringsenergin för ATP-hydrolys. Det finns fyra huvudtyper av ATPaser som F-ATPaser, V-ATPaser, A-ATPaser och P-ATPaser. ATPaser av V-typ finns främst i eukaryota cellvakuoler. Däremot finns ATPaser av F-typ i bakteriella plasmamembran, mitokondriernas inre membran och kloroplaster. De katalyserar hydrolysen eller syntesen av ATP-koppling med H + (eller Na +) -transport över ett membran.