Huvudskillnaden mellan fluxionalitet och tautomerism är att fluxionalitet avser utbytet av vissa eller alla atomer i en molekyl medan tautomerism hänvisar till utbytet av protoner mellan molekyler.
Båda termerna fluxionality och tautomerism hänvisar till utbytet av atom (er) mellan olika positioner såsom axiella och ekvatoriella positioner. Om dessa olika positioner ligger på samma molekyl är det fluxionalitet. Men om den utbytta atomen är en väteatom (en proton) och av positionerna finns i två olika molekyler, så kallas det tautomerism.
